Шахматовым Е.В. разработаны фундаментальные основы виброакустики машин, теории связанных колебаний в гидромеханических системах, методы исследования процессов формирования виброакустических полей в пневмогидромеханических системах и их взаимодействия с внешней средой; разработаны методы теоретического и экспериментального исследования динамических характеристик трубопроводных систем с учётом процессов взаимодействия пульсаций рабочей среды и колебаний механических элементов, методы расчета и автоматизированного проектирования корректирующих устройств (гасителей колебаний) для обеспечения устойчивости движения и снижения уровня пульсаций рабочей среды в гидромеханических системах, а также виброизоляторов для механических систем.
Разработанные методы и конструкции нашли применение в области снижения виброакустических нагрузок, обеспечения работоспособности, повышения ресурса и надежности изделий машиностроения и аэрокосмической техники.

Шахматов Е. В. ведет преподавательскую работу — читает курсы лекций по теории автоматического управления, автоматике и регулированию двигателей, руководит аспирантурой и докторантурой, под его руководством защищено 10 кандидатских и 2 докторских диссертации.
Он является руководителем инновационной программы «Развитие центра компетенции и подготовка специалистов мирового уровня в области аэрокосмических и геоинформационных технологий», выполняемой университетом в рамках приоритетного национального проекта «Образование».

Шахматов Е. В. – председатель двух докторских диссертационных советов, член экспертного совета по машиностроению ВАК Минобрнауки РФ, автор и соавтор свыше 300 научных трудов, в том числе 8 монографий, 9 учебных пособий, свыше 25 изобретений и патентов. За большой вклад в разработку и создание новых видов специальной техники в 1999 году награжден Орденом Дружбы
Он сформировал научную школу по виброакустике машин, в которой работают 6 докторов и 13 кандидатов наук, докторанты, аспиранты, молодые специалисты и студенты.
Общественная деятельность: член редакционных коллегий журналов «Известия Самарского научного центра РАН», «Известия ВУЗов. Авиационная техника», «Вестник СГАУ» (зам.главного редактора), журнала «Аспирантский вестник Поволжья»; действительный член Академии наук авиации и воздухоплавания, Академии проблем качества.

Награды:

Почетные грамоты Министерства образования РФ, Администрации Самарской области (2004) и Самарской Губернской Думы (2008) за заслуги в области научной и педагогической деятельности;
медаль Федерации космонавтики РФ им. акад. С.П. Королева, медаль Федерации космонавтики РФ им. Ю.А.Гагарина;
премия им. С.И. Мосина (2006), Орден Дружбы (1999), знак «Изобретатель СССР»; премия Правительства РФ в области науки и техники (2008) за работу «Комплексное решение проблем виброзащиты изделий транспортного машиностроения и аэрокосмической техники на базе упругопористого материала «металлорезина».